Historia rozpoczyna się w Pallet Town w regionie Nuveo, gdzie 13-letnia Hikari ma zamiar wybrać startera i rozpocząć podróż. Wbrew pozorom, dziewczynę bardziej interesuje odnalezienie rodziny niżeli sama podróż czy walki. Niestety, los przewidział dla niej wiele utrapień, jednakże zawsze może liczyć na swoich ludzkich i Pokemonowych przyjaciół. Co ją spotka w regionie przepełnionym złem? To wszystko już wkrótce!